St. Jacobs kirkegård, som ble opprettet i 1629, er Bergens eldste fattigkirkegård. I dag sokner kirkegården til Domkirken, men da den var nyopprettet ble fattige fra hele Bergen begravet her. I løpet av 1600-tallet og 1700-tallet ble også andre fattigkirkegårder opprettet i Bergen. Domkirken beholdt St. Jacob, Korskirken fikk St. Martin og Nykirken fikk St. Paul. St. Paul ble plassert mellom Nordnesvegen og Nordnesbakken, og var der kirkegård for fattige og forbrytere. Fattigkirkegården Fredens Bolig ved Krohnengen ble først opprettet i 1809, og tilhørte Korskirkens landsogn. Også her ble fattige og forbrytere begravet.

Det eneste vi har igjen etter Nikolaikirken er navnet på allmenningen som fører forbi stedet der kirken sto. På Scholeusstikket fra 1580 ser vi at kirken var plassert høyt i landskapet. Dermed var den et ideelt brannutkikkspunkt. Vi ser også på Scholeusstikket at kirken er blitt til en ruin i 1580. Dette kan skyldes at reformasjonen i 1536 overflødiggjorde en del kirker.

Katarinahospitalet er, så vidt vi vet, det første sykehuset i Bergen. Det ble oppført ved Sandbro under Håkon Håkonson i første del av 1200-tallet, men brant ned allerede under bybrannen i 1248. Anlegget ble gjenreist i Vågsbotn i 1266 og eksisterte videre som leprahospital, fattighus og hospital for andre syke helt fram til 1771.

Lille Kristkirke og Store Kristkirke var sentrale i kirkesenteret som hadde utviklet seg på Holmen i middelalderen. Kirkene var plassert like nord for Håkonshallen. Kristkirkene var kongers og dronningers kirker. Her ble de kronet, og her ble de gravlagt.

Nykirken er fra 1621. Den ble bygget fordi innbyggerne på Strandsiden mente at de hadde så lang og vanskelig vei til Domkirken. Da kirken sto ferdig ble den kalt Den Nye Kirke, fordi de andre kirkene i byen allerede var flere hundre år gamle. Navnet har den siden gjort seg fortjent til - kirken har vært nybygd mange ganger siden 1600-tallet.

Mariakirken står i særstilling i Bergens historie. Så tidlig som på midten av 1100-tallet ble den første høymessen holdt, og dette innebærer at kirken er det eldste bevarte bygget i Bergen. Mariakirken var og er sentralt plassert i bybildet, men den var nok langt mer dominerende i middelalderens Bergen, da maktsenteret lå et steinkast unna, enn den er i dag.